旧二条城の堀に使われていた石垣が地下鉄烏丸線の発掘調査で発見された。石垣の石材には石仏や礎石なども用いられていた。

室町幕府とは直接関係がないが、信長時代の「二条御新造」、「妙覚寺城」および秀吉時代の「妙顕寺城」についても紹介をしておく。

1577年（天正5年）、織田信長が二条良基の邸宅を、京都の拠点として整備した。
1579年（天正7年）正親町天皇の皇太子誠仁親王に献上し、二条殿・二条御所と呼ばれた。
1582年（天正10年）「本能寺の変」で信長の長男信忠がここで自刃し、二条殿は焼失した。

1582年（天正10年）の本能寺の変の際、織田信長の嫡男信忠が宿舎としていた。明智光秀の謀反を知った信忠は寺を出て、明智勢を討つべく東隣の二条殿へ向かうが、果たせずに自害する。
信長は二十数回京に滞在しているが十八回宿所とし、本能寺は三回しか滞在していない。
現在、上京区上御霊前通小川東入ルに移転されている。
大門は聚楽第の裏門を移築したと伝わる。

　

二条城東側の古城町に石碑が残る。1583年(天正11年)に本拠地を大坂に定めた秀吉が京都における拠点として築いた城である。
聚楽第完成まで秀吉の政庁として使われた。周囲には堀をめぐらし、天主をあげていたという。