江戸時代になると、外敵の脅威はなくなり、市街地が洛外に広がるにつれて土塁は次々と取り壊されていった。御土居の遺構は、北西部を中心にわずかに残っている。

昭和5年（1930）、市内に残る「御土居」のうち8箇所が、京都の沿革を知るうえに、また、広く我が国における都市の発達をたどる重要な遺構として「史跡」に指定、昭和40年（1965）にさらに一箇所（北野天満宮境内）が追加され、現在9箇所が指定されている。

史跡指定地以外ではその後も「御土居」の撤去が進み、1960年代には史跡指定の「御土居」が宅地造成業者によって破壊される事件が何度か起こった。近年、ＮＨＫ番組の「ブラタモリ」で玄琢下の市内最大の「御土居」が取り上げられた。土塁と堀の残存状況がよく、複雑な地形に対応して築かれた「御土居」の迫力する様子をつぶさに観察することができる。土塁上に登ったタモリさんが京都市内を見下ろし、ビックリしていたのが記憶に新しい。