大雲院に戻りますが、2014年に四条河原町周辺の発掘調査が行われた際、四条寺町にあった大雲院跡も調査対象になりました。すると敷地跡から豊臣秀次の供養塔の一部とみられる石材が見つかったのです。秀吉に謀反の疑いで切腹に追い込まれ、三条河原で処刑後、晒し首にされた秀次の供養塔が出てきたのです。その他にも側室らを供養したとする文献もあったそうです。秀吉にも後ろめたい気持ちがあって、密かに秀次の供養をしたのではないかという説の裏付けになりました。
結果的に大雲院と祇園閣が同じ敷地になったわけですが、織田信長・信忠親子と石川五右衛門の三人も、この祇園閣を見上げているのでしょうか。